边疆治理能力是边疆地区的政权机构管理公共事务、发展公共利益、处理公共问题的能力，是国家能力在特殊区域中的具体投射，核心是对国家权力的综合运用。在现实政治实践中，边疆治理能力与一般性国家治理能力在具体能力的优先性排序上有所不同，并具有非常严格的政治性，即国家利益至上。这一概念包括两方面的能力，一种是被国家垄断的专断性能力，一种是需要国家调节的基础性能力。边疆政权机构不仅需要具有专断性能力，还需要具有相当的基础性能力，才能取得良好的治理效能，边疆治理能力的这两方面是相互起作用并且交织在一起的。