清政府为了抗击沙俄入侵，在黑龙江地区实行军府制度，设置黑龙江等处地方将军。黑龙江将军除常设将军衙门军政合一的办事机构外，还设各副都统衙门分支机构，先后设有黑龙江、墨尔根、齐齐哈尔、呼伦贝尔、呼兰、布特哈、通肯等副都统及兴安城副都统衔总管。黑龙江将军驻地先后从额苏哩迁到旧瑷珲，又从旧瑷珲迁到新瑷珲，再从新瑷珲迁到墨尔根城，最后迁到齐齐哈尔城。清代黑龙江将军衙门的迁移伴随着中俄关系及国内民族关系的变化。清代黑龙江将军衙门在不同地方发挥了不同的历史作用。