全面抗日战争爆发后，我国机器棉纺织业集中的东、中部地区迅速沦陷，棉纺织业遭受严重打击，损失惨重。日本侵略者对棉花等原材料及华商企业生产设备进行掠夺、管控，加剧了沦陷区棉纺织业之衰败。沦陷区棉纺织业的国别构成、技术水平、地区分布等亦出现显著结构变化。战前既已具备一定优势地位的日资企业，在日军武力扶持下得以很快恢复生产并获得进一步扩张，牢牢占据主导地位。部分华商利用租界庇护和战时产品供不应求的有利市场条件，以分散化、小型化策略应对日军的管控，曾一度获得较高利润，一时呈现局部繁荣之景象。但随着时局的发展尤其是日本战局的失利，日本对原材料与棉布市场的管制加强，沦陷区的能源与原材料短缺的问题日益严重，许多工厂无法正常开工。抗战后期日军为了保证钢铁供应，疯狂掠夺华商工厂和在华日本棉纺织企业的机器设备，最终造成沦陷区棉纺织业的全面衰落。