宋太祖承前代建立翰林医官院，尚药院尽管名存实亡，但是直到宋神宗时期才被并入翰林医官院，尚药院长官尚药奉御与翰林医官历史渊源极深，在唐代就已经成为翰林医官的稳定加官。尚药奉御成为翰林医官院官员后，其待遇、职能仍然无法摆脱曾经作为尚药院长官尚药奉御的影响，当然伎术官在待遇职级所受到的诸多限制凸显了这种影响。翰林医官院职能的膨胀影响其执伎以事上的职能，因此出现　“诊御脉”和“入宫医官”，并将其制度化，强化了服务宫廷的职能。翰林医官院侵蚀太医署职能过程中，即使没有被侵蚀的职能也被削弱，因此设置太医局，负责国家医疗教育。翰林医官院成为一个服务宫廷、国家与社会的机构，承担国家医政部分职能，但从性质来看仍是“内廷机构”。