惩办祸首问题是辛丑和谈极为敏感的内容，直接关系到慈禧等人的人身安危。因而慈禧等人对这一问题极为排斥。然而，在列强压制和实力派督抚的斡旋下，慈禧最终让步，以保全自身、牺牲其他“祸首”与朝廷利益为代价，换取列强的“谅解”。经此劫难的清朝亲贵也更加聚集于慈禧周围，慈禧在事实上反而巩固了自己的地位，同时，“媚外”迅速取代“排外”，这一风气自上而下充斥于整个官僚体系，也包括满族亲贵和一般旗人，并为稍后“新政”的开启作了铺垫。辛丑和谈关于惩办“祸首”问题的解决，在国内外具有深远影响。辛亥革命期间的南北和谈对清室问题的处理基本沿袭了辛丑和谈的思路。